জাতীয় পানি ব্যবস্থাপনা পরিকল্পনা (এনডব্লউিএমপি) ২০০১ অনুযায়ী ওয়ারপো বিভিন্ন সংস্থা কর্তৃক প্রস্তাবিত প্রকল্প ও কর্মসূচির শুধুমাত্র কারিগরী বিষয় পর্যালোচনা করে পান সম্পদ মন্ত্রণালয়, পরিকল্পনা কমিশন ও আইএমইডি কে সহায়তা করে। এছাড়াও জাতীয় পানি নীতি ১৯৯৯ এবং বাংলাদেশ পানি আইন, ২০১৩ (১৬ নং ধারা) অনুযায়ী ওয়ারপো  বিভিন্ন সংস্থা কর্তৃক চিহ্নিত পানি সম্পদ খাতের অন্তর্ভুক্ত জাতীয় প্রকল্প বাস্তবায়নের জন্য ক্লিয়ারিং হাউজ হিসাবে দায়িত্ব পালন করবে এবং প্রকল্পের ছাড়পত্র প্রদান করবে। তাছাড়া ওয়ারপো জাতীয় পানি স¤পদ পরিষদ (এনডব্লিউআরসি) এর নির্বাহী কমিটির সচিবালয় হিসাবে পানি সেক্টরের সকল কার্যক্রমের মধ্যে সমন্বয় আনয়নে সচেষ্ট থাকে। ক্লিয়ারিং হাউজ কার্যক্রমের মাধ্যমে ওয়ারপো পানি সম্পদ সেক্টরে চিহ্নিত প্রকল্পসমুহ বস্তবায়নের বিভিন্ন পর্যায়ে প্রকল্পের সুবিধাভোগীদের অংশগ্রহণ, পারিপার্শ্বিক ও সামাজিক প্রভাব, প্রকল্পের পুনরাবৃত্তি পরিহার, বিভিন্ন টুলস, টেকনিক ও মডেলিং এর ব্যবহার নিশ্চিত করে থাকে। সর্বোপরি বিবেচ্য প্রকল্প এনডব্লিউএমপি এর সাথে সংগতিপূর্ণ কিনা তা যাচাই করে এনডব্লিউআরসি এর নির্বাহী কমিটির নিকট প্রতিবেদন পেশ করে। ২০০৯ সালে ছাড়পত্র কার্যক্রম শুরুর পর থেকে জুন ২০২৩ পর্যন্ত ওয়ারপো ৩৭৪টি প্রকল্প প্রস্তাবের উপর মতামত প্রদানপূর্বক ছাড়পত্র এবং ৪০টি প্রকল্প প্রস্তাব পর্যালোচনাপূর্বক সুনির্দিষ্ট শর্ত সাপেক্ষে অনাপত্তি পত্রসহ সর্বমোট ৪১৪টি পানি সম্পদ সংশ্লিষ্ট উন্নয়ন প্রকল্পের ছাড়পত্র ও ভূ-গর্ভস্থ পানি উত্তোলনের অনাপত্তিপত্র প্রদান করা হয়েছে। উল্লেখ্য যে ২০২২-২০২৩ অর্থবছরে  ওয়ারপো কর্তৃক ২৩ টি  প্রকল্পের ছাড়পত্র/অনাপত্তিপত্র  প্রদান করা হয়।  এছাড়া ওয়ারপো স্থানীয়  সরকার প্রকৌশল অধিদপ্তর এর ৩ (তিন) টি, বরেন্দ্র বহুমুখি উন্নয়ন কর্তৃপক্ষ  এর ২ (দুই) টি এবং বাংলাদেশ নদী গবেষনা ইনষ্টিটিউট এর ২ (দুই) টি প্রকল্প প্রস্তাব পর্যালোচনান্তে  ছাড়পত্র প্রদান করেছে। বিভিন্ন  সংস্থা কর্তৃক  প্রস্তাবিত প্রকল্পসমুহের কারিগরী দিক পর্যালোচনা এবং পুনরাবৃত্তি পরিহার এর জন্য মাঠ পর্যায়ে পরিদর্শন অতীব প্রয়োজন। ওয়ারপো তার ক্ষুদ্র জনবল নিয়ে স্বল্প পরিসরে এ কার্যক্রম শুরু করেছে। উল্লেখ্য যে, ওয়াপোতে বিদ্যমান “ক্লিয়ারিং হাউজ” প্রক্রিয়া একটি পরীক্ষামূলক ব্যবস্থা যা আরও শক্তিশালী করা প্রয়োজন। ওয়ারপো পানি ব্যবস্থাপনা উন্নয়ন প্রকল্প (ওয়ামিপ) এর আওতায় অতিরিক্ত কর্মসূচি হিসাবে ওয়ারপোর এই পরীক্ষামূলক প্রকল্প প্রস্তাব পর্যালোচনা ও ছাড়পত্র প্রদান প্রক্রিয়াটি প্রয়োজনীয় টুলস ও তথ্যভান্ডার স্থাপনের মাধ্যমে আরও শক্তিশালী করার পদক্ষেপ গ্রহণ করা হয়েছে। তাছাড়া বাংলাদেশ পানি আইন, ২০১৩ অনুমোদনের ফলে সাম্প্রতিক যে কোন প্রকল্প গ্রহণের পূর্বে ছাড়পত্র প্রদানের বাধ্যবাধকতা নিশ্চিত হয়েছে। সুতরাং আইন অনুযায়ী জাতীয় পানি সম্পদ পরিষদের নির্বাহী কমিটির সচিবালয় হিসাবে ওয়ারপো ক্লিয়ারিং হাউজ কার্যক্রম আরও বলিষ্ঠ ও শক্তিশালীভাবে সম্প্রসারনের লক্ষ্যে সংস্থার লোকবল বৃদ্ধিসহ প্রশিক্ষণ কর্মসূচী নেওয়া কার্যক্রম চলমান আছে।